Согласно летописным описаниям, резиденция князя Андрея Боголюбского была основана в 1158 г. Белокаменный дворцовый ансамбль представлял собой протяженную цепь зданий с храмом в центре. После убийства князя в 1174 г. резиденция была разграблена. В середине XVII века сохранившаяся лестничная башня была надстроена кирпичной колокольней с шатровым завершением.

В начале 1705 г., вследствие производства работ по расширению оконных проемов храма произошло обрушение его сводов и части стен. В 1751-56 гг.  на первоначальных фундаментах был построен новый храм в стиле провинциального барокко. В 1772 г. трехглавое завершение было заменено на восьмигранный барабан, с луковичной главкой на барабанчике.

В начале XIX в. с западной стороны и под аркой перехода был пристроен придел во имя св. благоверного князя Андрея Боголюбского. В период 1820-40-х гг. обветшавшая колокольня над лестничной башней была перестроена в прежних формах. В конце XIX - начале ХХ века были проведены ремонтно-реставрационные работы.   В 1934-39 гг. под руководством Н.Н. Воронина проводились широкомасштабные раскопки вокруг памятника и внутри храма, открывшие фундаменты переходов, каменную вымостку двора и первоначальный цоколь храма. В это время часть придела, примыкающая к палатам, была разобрана. В 1953-55 гг. проводилось инженерное укрепление стен башни и перехода, снятие штукатурки с фасадов под руководством А.В. Столетова.

По результатам проведенных научных исследований установлены основные зоны неудовлетворительного состояния конструкций памятников, которое связано с замачиванием атмосферными осадками открытых конструкций яруса звона колокольни, нижних частей стен и фундаментов памятников при капиллярном подъеме влаги, неблагоприятными тепловлажностными условиями внутренней воздушной среды, с учетом открытых откопов в храме и круглогодичным посещением, создающими постоянное сверхсорбционное содержанием влаги в конструкциях, что снижает прочность материалов и способствует активному развитию биоповреждений.

Для защиты памятников от замачивания предусматривается выполнение вертикальной планировки для эффективного водоотведения и замена отмостки, устройство покрытия яруса звона и корректировка водосточных систем. Производится замена дефектной подпорной стенки раскопа в притворе храма с воссозданием кирпичной выстилки пола и заменой деревянного мостка на цельностеклянный.

В процессе проведения проектных работ от Владимиро-Суздальского музея-заповедника было получено задание на экспонирование памятника с учетом понижения грунта до белокаменной мостовой XII века по периметру объекта. Памятник находится в непосредственной близости от склона, согласно ранее разработанной документации ООО «ИГИТ», склон оползневой.  В результате проведенного анализа устойчивости склона и произведенных работ по его укреплению установлено, что устройство открытых откопов приведет к скоплению в них поверхностных вод, что создает угрозу замачивания грунтов основания и может вызвать оползневые процессы с последующим разрушением памятников. Для реализации решения по раскрытию мостовой необходимо выполнение вертикальной планировки на всей территории ансамбля Боголюбовского монастыря (за границами проектирования) и устройство системы ливневой канализации для отвода поверхностных вод.  Данные работы будут производится на следующем этапе.

Для улучшения тепловлажностных условий внутри памятника были проработаны и изучены различные решения регулирования микроклимата. ОАО «Владимирреставрация» предлагалось выполнить систему воздушного отопления с устройством подпольных каналов и решеток. В результате анализа установлено что, перегрев неутеплённых известняковых блоков в течение нескольких сезонных циклов приведёт к периодическим локальным деформациям и температурным напряжениям в конструкциях, что значительно снизит долговечность древних известняковых стен. Проектными решениями предлагается организация проветривания памятника и консервации на холодный период. Для улучшения теплотехнических характеристик конструкций предусматривается утепление сводов, покрытие открытого грунта в раскопах каменными плитами; замена окон и дверей, удаление цементосодержащей штукатурки на фасадах.