Архитектура храмового комплекса в честь святителя Иоанна Златоуста в городе Петергоф выполнена в синтезе нескольких традиций. Во-первых, это классическая, несколько переосмысленная византийская архитектура, что отражено в сакральных постройках: основном базиликальном храме, малом храме и крестильной ротонде с монументальной башней-колокольней. Эти сооружения запроектированы в кирпиче с облицовкой традиционной плинфой и декоративными элементами. Вторая традиция, к которой отсылает архитектура, — это советский конструктивизм. Ее использование обусловлено средой, в которой предполагается строительство комплекса, и которая представляет собой большой студенческий городок в Петергофе, построенный именно в традициях конструктивизма. Также в комплексе используются современные архитектурные решения, касающиеся как отделки фасадов, так и решения помещений и их организации.

 Комплекс представляет собой три корпуса. Самый большой корпус — это собственно приходской блок с храмом. Весь первый этаж блока занят приходскими помещениями, в частности, классами воскресной школы. Их центральным связующим звеном является большой атриум, связанный со всеми пространствами как первого, так и второго уровней. Предусмотрен актовый зал, западнее которого расположен открытый круглый внутренний дворик, обрамленный открытой галереей по первому этажу и закрытым экспозиционным пространством, также в виде галереи, на втором уровне. Центральный атриум соединен с внутренним закрытым двориком через большое остекление, открывающееся в теплое время года. Также в этот двор открыты мастерские, размещенные с юга и востока от открытого дворика. На втором этаже этого блока над классами воскресной школы размещены кабинеты администрации и большой архондарик (гостиная). Этот блок имеет также выход на эксплуатируемую кровлю, соединенную как с внутренним приходским двориком, так и с экспозиционной галереей и основным помещением храма, расположенными южнее.

Основной базиликальный храм имеет ряд особенностей: приподнятые клиросы, фланкирующие западную часть храма с северной и южной стороны вынесенный жертвенник с небольшим ограждением. Спроектирован большой трансформируемый блок для детей разных возрастов, соединенный с основным храмом внутренними окнами. Через двери, устроенные в остекленных проемах, дети смогут выходить в основной храм к Причастию.

Крестильный храм представляет собой небольшую ротонду с крестильной купелью по центру и алтарем. Предусмотрен специальный гардероб для крещаемых. По второму этажу через открытую зону человек попадает через неотапливаемую лестницу наверх на колокольню.

С северной стороны расположен большой прямоугольный блок с социальной и гостиничной функциями, а также спортивный блок в восточной части. Приход занимается активной социальной деятельностью, в связи с этим предусмотрена развитая система социального служения с возможностью проживания и прохождения адаптации людей, нуждающихся в социально-медицинской работе.

В первом блоке данного здания находится ряд больших кабинетов для групповой работы, несколько кабинетов для индивидуальной работы. Запроектирован небольшой внутренний дворик с зимним садом. На втором этаже над социальным центром с западной стороны предусмотрены кельи для проживания проходящих реабилитацию.

С северной стороны расположены гостевые кельи, в которых могут жить как гости храмового комплекса, так и его работники. Предусмотрен спортивный блок с большим спортзалом, предполагающим возможность его многофункционального использования.

В северо-восточной части будет устроен небольшой храм, который, как предполагается, будет построен первым.

С помощью длинного коридора, который может быть выполнен в виде определенной инсталляции за счет интерьерных решений, храм будет соединен со студенческим центром, представляющим собой небольшую библиотеку с кафе. С улицы храм обрамлен кругом, выполненным из кортена, представляющим собой интересный тектонический элемент и привлекающим визуальное внимание